โซนิคเทเลพอร์ตเข้าสู่โลกมาริโอโดยบังเอิญ โลกมาริโอแบ่งออกเป็นสามโลกที่แตกต่างกันซึ่งมีสัตว์ประหลาดสามชนิดอาศัยอยู่ที่นั่น สัตว์ประหลาดทั้งสามตัวคือเต่าบิน, Goomba ที่เดินได้, สัตว์ประหลาดเปลือกแข็ง พวกเขากำลังรอที่นั่นเพื่อโจมตีทุกคนที่ตกอยู่ในดินแดนนั้นหรือช่วยโซนิคสำรวจโลกมาริโอและข้ามไปยังดินแดนเพื่อหาทางออก